L'endoscopia è l'esame strumentale eseguito con l'animale in sedazione profonda o anestesia generale che, per mezzo di una sonda introdotta in un'orifizio esterno, permette di esplorare le cavità interne dei vari distretti corporei: apparato digerente, apparato respiratorio, apparato genito-urinario e il condotto uditivo.
L'indagine endoscopica è un importante ausilio diagnostico poco invasivo, con la quale è inoltre possibile ottenere campioni citologici e bioptici di una struttura anatomica. Oltre al valore diagnostico, l'endoscopia può diventare una tecnica interventistica mediante la quale è possibile rimuovere neoformazioni come i polipi gastrici o corpi estranei come per esempio un calzino intrappolato nello stomaco o una spiga inalata in un bronco.